Ja, gemäss der Wegleitung der Eidg. Steuerverwaltung (ESTV) zum AIA wird auch ein meldepflichtiges Konto mit negativem Gesamtsaldo / negativem Wert gemeldet (mit Betrag Null; vgl. Ziff. 1.3.2.4.4 AIA-Wegleitung).
Erhält die Steuerverwaltung des Kantons Bern Kenntnis von einem solchen Konto, klärt sie im ordentlichen Veranlagungsverfahren ab, ob das Konto noch besteht und wieviel Zins es abgeworfen hat. Bei Verdacht auf ein länger bestehendes Konto leitet sie ein Nachsteuerverfahren sowie ein Steuerhinterziehungsverfahren ein.